Музей розміщений в старовинному будинку, побудованому в кінці XVIII століття. Спочатку в будівлі розміщувалася канцелярія і житлові приміщення, призначені для вищих військово-морських чинів і військових губернаторів краю. Музей є філією Миколаївського краєзнавчого музею. Експозицію складають понад чотири тисячі експонатів, які розміщені в дев’яти залах. Виставка присвячена історії створення та етапам розвитку Чорноморського флоту, а також суднобудування в Миколаєві.