Музей бере свій початок з 1894 року, коли на земському зібранні прийняли рішення про створення в Прилуках історико-природничого музею. Тоді зборами цінних матеріалів зайнявся І. Капустянський, який зберіг багато цінних рукописів. У 1927 році завідувачем стає професор Василь Іванович Маслов, який, не зважаючи на важкі історичні часи, зробив цей музейний заклад одним з кращих в Україні. На основі приватної колекції мецената Г. Галагана він створив нову експозицію з шедеврів світового мистецтва, серед яких роботи Айвазовського, Штернберга, Шевченка та інших. Ще тут з’явилася колекція народних і старовинних картин, ікон, гравюр, дорогоцінних ваз, монет, козацької зброї і багато чого іншого. Відкрився окремий зал історії міста. Особливу увагу привертають такі експонати як сідло гетьмана Данила Апостола і макет Прилуцької церкви. У 1953 році найдорожчі матеріали перевезли до Чернігівського музею. Однак збір історичних і природних цінностей не припинився, і в виставковому залі з’явилося колоритне зібрання декоративно-прикладного мистецтва, колекція ікон та різноманітних нумізматичних примірників.