Построенная в 1637 году по указке волынского хорунжего Малинского церковь изначально была униатской. Во время событий после восстания Богдана Хмельницкого ее внешний вид был немного обезображен, и реставрировать ее не спешили. В 1676 году потомок воеводы, принявший католицизм, передает святыню в распоряжение членов Ордена францисканцев. В 1715 году уже внук Данилы Малинского отремонтировал храм, и спустя несколько десятков лет он был освящен как костел Непорочного Зачатия Девы Марии. Поскольку в XVIII веке доминировало направление барокко, то и колокольня приобрела черты этого стиля. Власти Российской империи в 1832 году закрыли монастырь и превратили его в приход под управлением Московского патриархата и заново освятили его спустя пять лет после этого события. Во времена независимости, начиная с 1996 года, в храме соединяются благочиния Украинской православной церкви Киевского и Московского патриархата с двумя настоятелями-протоиереями с каждой стороны.