Церковь Святого Николая, а также ее колокольня в XVIII столетии были деревянными. В 1800 году Николаевскую церковь реконструировали. В конце XIX века она превратилась в каменную постройку. В 1833 году соорудили звонницу высотой 34 метра. Известно, что в 1823 году сестра Тараса Шевченко вместе с братом совершили визит в Лебедин, где она молилась перед вступлением в брак в Свято-Николаевской церкви. Во времена советской власти монастырь закрыли. Во время оккупации немецко-фашистскими войсками церковь работала, но после окончания войны снова была закрыта. В 1962 году в храме сделали диспансер для больных туберкулезом. В 1972 году церковь была детской больницей для детей с диагнозом детский церебральный паралич. В 90-е годы прошлого века храм снова был возвращен православной общине. Свято-Николаевская церковь в Лебедине является памятником архитектуры.