Изначально памятник представлял собой только подземную часть. На определенной глубине лежал саркофаг из стекла, где хранилось забальзамированное тело красного командира. Возле саркофага размещались атласные подушечки, на которых лежали награды Котовского. Спустя девять лет после создания мемориала, в 1934 году, к подземному саркофагу добавился наземный памятник, оборудованный трибуной. На памятнике были изображены барельефные композиции о Гражданской войне. В 1941 году оккупационные войска разрушили саркофаг и выбросили тело в яму, где оно лежало с трупами расстрелянных советских граждан. Спустя три года силами рабочих железнодорожного депо останки Котовского были найдены. В 1965 году, когда мавзолей восстановили в уменьшенном масштабе, сохранившиеся останки поместили в закрытый цинковый гроб с окошком. После того, как памятник подвергся повреждению со стороны вандалов в 2016 году, было принято решение похоронить останки командира на городском кладбище. Интересным фактом является то, что город Подольск до нынешнего времени назывался Котовском.