В небольшом одноэтажном доме, в котором жил Заболотный, воссоздан интерьер начала XX века и представлены его личные вещи. В здании, которое раньше служило летней кухней, хранятся экспонаты, связанные с научной и медицинской работой. В целом, коллекция музея насчитывает более 2 тысяч предметов. Среди них – студенческие конспекты, первые научные труды, семейные фотографии, документы. Сохранилась личная библиотека академика, которая насчитывает более семисот книг, а также коллекция минералов. Часть выставки посвящена экспедиции Заболотного в Маньчжурию и первой в истории вакцинации против чумы, которую осуществил ученый. Музей Д. Заболотного ежегодно посещает более трех тысяч человек.