Наприкінці XVIII століття монастир був перетворений із чоловічого на жіночий. Монахів у 1786 році перевели до іншої обителі, а сюди в 1790 році переселили монахинь і послушниць київського Іоанно-Богословського монастиря. У 1859 році за проектом відомого архітектора Івана Григоровича-Барського в монастирі була зведена Свято-Преображенська церква. Тут знаходиться головна монастирська святиня – ікона Божої Матері Дубенської (1864). У 1922 році монастир закрили. Храми перебували в запустінні, а в роки Другої світової війни навіть були частково зруйновані. Хоча монастир від листопада 1941 року знову діяв, його реальне відновлення і відродження почалося лише 1988 року. В обителі на спуску до річки є джерело цілющої води, а над ним – колодязь із журавлем. Поруч розташовано закриті кабінки, де паломники можуть обливатися святою водою.