Изначально храм был освящен в честь Святой Троицы. За более чем 400 лет своего существования костел неоднократно подвергался частичному разрушению в результате войн, после чего следовало его восстановление. В 1728 году здание расширили, и произошло переосвящение храма в честь Иоанна Крестителя. В довоенные советские времена костел был закрыт. Во время Второй мировой войны немецкие войска возобновили службу в храме, после чего его не закрывали. В 70-х годах ХХ века здесь был установлен орган. Среди элементов интерьера сохранились элементы масляной живописи тосканского барокко.