Зоопарк в Киеве был официально основан в 1909 году по инициативе профессоров Университета Святого Владимира и Политехнического института, а также членами Киевского общества любителей природы. С первых дней существования зоопарк содержался на благотворительные средства частных лиц и меценатов. Изначально зоопарк был организован на территории ботанического сада университета, но с увеличением коллекции была выделена большая территория напротив корпусов Политехнического института (1912 год), где по сей день он и расположен. Наибольший расцвет зоопарк пережил в 1920–1930-х годах, когда строились новые вольеры, слоновники, значительно пополнялась коллекция. В годы войны из зоопарка было вывезено много ценных видов животных, но уже в 1944 году он снова был открыт для посетителей. Глобальная реконструкция здесь состоялась в 1966 году, и на протяжении последующих десятилетий регулярно достраиваются новые вольеры, которые пополняются редкими представителями фауны.