История основания села Малые Загайцы берет начало еще во второй половине XIII века. В XVI веке в поселке на возвышенности был сооружен замок, который впоследствии был разрушен, а на его месте началось строительство православного монастыря. В 1626 году на этой территории была возведена главная церковь монастырского комплекса – церковь Святого Иоанна Милостивого, которая также выполняла функцию оборонного сооружения. В башне храма были прорезаны бойницы, в верхней части нефа устроена боевая галерея. В нижнем ярусе находился главный вход в храм. Наибольшие разрушения, которые настигли храм – это пожар в 1899 году, когда во время грозы была повреждена стена и сгорел купол, опустошение храма с приходом советской власти, а также кража главной святыни – древней чудотворной иконы Божьей Матери в 2006 году (до сих пор не найдена). В 1964 году монастырь был полностью закрыт. Его возрождение началось лишь в 2001 году. Сегодня монастырь, включая церковь Иоанна Милостивого, является действующим.