Вначале экспозиция музея располагалась в помещении Богодуховской школы № 1. Затем в 1983 году ее переместили в здание, где она находится сегодня. В фондах музея собрано около 7000 экспонатов. В первом зале "Наш край в силу давности" (от появления человека до XVI века) представлены результаты археологических исследований, во втором зале под названием "Народная культура быта" (XVIII – начало XX века) можно увидеть старинные предметы быта, уникальные вышивки и рушники. Третий зал "Выдающиеся люди Богодуховщины" хранит исторические документы, фотоснимки, репродукции, письма, четвертый зал "Богодухов в годы Великой Отечественной войны" посвящен военным событиям, в пятом зале "Современная Богодуховщина" представлены образцы продукции местных предприятий.