И скальную церковь, и кельи вырубили монахи, бежавшие из Киево-Печерской лавры после разорения оной. Позже монахи перебрались в соседний Бучач – там был основан новый монастырь. В Рукомыше осталось несколько пожилых монахов, для которых переезд ввиду преклонного возраста был сложен. В 1768 году возле скалы возведена Онуфриевская церковь. В пещерах можно увидеть искусственный водоем для освящения воды, сохранившуюся скульптуру Святого Онуфрия, которую вырезал из дерева мастер И. Пинзель, и Крестный путь с часовнями.