Возглавляет администрацию Масельский Степан Иванович, первый заместитель – Тищенко Вячеслав Александрович, заместитель – Панасенко Валентина Михайловна. В компетенции Балаклейской районной государственной администрации – вопросы местного значения. В ее структуре действуют управления по вопросам агропромышленного развития, социальной защиты, служба защиты детей, образования, семьи, молодежи, физкультуры и спорта, охраны здоровья, а также секторы гражданской обороны, градостроительства и архитектуры. При администрации также функционирует центр предоставления административных услуг, ведется прием граждан и работает горячая линия.