На берегах лимана создано также несколько ботанических заказников для охраны многочисленных произрастающих здесь растений, входящих в Красную книгу. Здесь же располагаются и многочисленные детские оздоровительные заведения. В 2000-х годах акватория Молочного лимана площадью свыше 22 тысяч гектаров и его побережья включены в состав Приазовского национального природного парка. В декабре 2002 года областной совет Запорожской области принял решение о ликвидации 41 объекта природоохранного фонда, в числе которых оказался и заказник "Устье Молочного лимана".