Первоначально церковь была деревянной. Заложили ее еще в 1795 году, как одну из трех церквей, предназначенных для эмигрантов из Греции. В 1804 году была произведена закладка каменного храма. И только в 1808 году по проекту архитектора Фраполли возведение церкви было закончено. Первым настоятелем храма стал протоиерей Иоанн Родес. Благодаря ему храм был расширен и приобрел окончательную крестообразную форму с одним куполом и колокольней со шпилем. С 1936 по 1941 храм был закрыт, а иконы находились в подвалах и у неравнодушных людей. Только с 1956 года ситуация с храмом улучшилась. В 90-х годах была проведена реконструкция, а в 2006 храму присвоено звание собора.