Постановление о проведении железной дороги в Бердянске было принято еще в 1865 году, строительство же железнодорожной линии Чаплино – Пологи – Бердянск было начато в 1896 году и завершено через два года. Архитектором выступил Г. И. Панафутин. В 1943 году бердянский вокзал был полностью уничтожен фашистскими захватчиками. Восстановление продлилось пять лет. В результате интерьер вокзала преобразился, его залы были отделаны мраморной плиткой из Янцевского карьера. Следующая масштабная реконструкция вокзала Бердянска была проведена в 2003 году. Были обновлены окна здания, фасад, покрытие крыши, существенно изменилось внутреннее оформление залов. Здесь установили новое информационное табло, ряд электронных часов, современные переговорные устройства для общения кассиров и пассажиров и кассовые терминалы.