Шостка расположена между железнодорожными станциями Терещенская (12 км) и Новгород-Северский (26 км). Имеет довольно развитое транспортное сообщение. Без пересадок от нее можно доехать до 49 железнодорожных станций, среди которых Нежин, Дарница, Путивль, Выдубичи и другие пункты. По расположенному в Шостке транспортному узлу курсируют шесть пассажирских поездов дальнего следования и восемь пригородных. Первые включают направления: Киев, Сумы и Новгород-Северский. А конечными остановками проходящих через Шостку пригородных электропоездов являются Киев, Терещенская, Новгород-Северский, Семеновка и Фастов.