История монастыря начинается еще в далеком XVII веке. Тогда обитель находилась не в самом Шаргороде, а в рядом стоящем селе Калиновка. В 1718 году Александр Конецпольский восстановил монастырь и поселил в нем ченцов Ордена базилиан. Стены монастыря помнят и действующую духовную семинарию, и училище, и музей. С 1992 года он действовал как храм, а с 1996 года здесь жили монахи. Монахи из Почаевской лавры подарили Николаевскому монастырю копию иконы Божьей Матери. Архитектурный ансамбль включает две церкви и соборный храм. Монастырь действует уже более десяти лет, а при монастыре работает школа звонарей.