Станция была торжественно открыта еще в ХIХ веке – 20 мая 1884 года. Изначально станция именовалась Любомировкой, а современное название было присвоено лишь 20 лет спустя (в январе 1904 года) в честь А. А. Верховцева, первого начальника Екатерининской железной дороги. Значительная модернизация и электрификация станции Верховцево были реализованы уже в советские времена, в 1950 годы. Тогда же здесь были возведены новые здания депо для вагонов и локомотивов и энергоучасток. Последние масштабные ремонтные работы на станции проводились в 2004 году – были реконструированы историческая и пассажирская части вокзала, также станцию адаптировали для поездов нового поколения.