Історія храму почалася в 1645 році, коли за наказом Яреми Вишневецького – першого в роду власника тутешніх земель – тут був побудований дерев’яний костел Святої Анни. Під час Національно-визвольної війни, яку очолював Богдан Хмельницький, та наступних воєнних дій в другій половині XVII століття, коли Вишнівець штурмом брали козацькі загони, татарські орди, а згодом і турецькі війська, костел був спалений вщент. Останній з роду Вишневецьких, Михайло Сервацій в 1726 році звелів побудувати тут дерев’яний костел Святого Михайла. У 1768 році капітальний ремонт храму оплачували вже Мнішеки. У 1832 році капітальний ремонт костелу австрійською владою закінчився його перетворенням в греко-католицьку церкву, яка згоріла в 1863 році. Відбудували храм тільки в 1892 році і освятили в ім’я Пресвятої Трійці. У радянські часи Троїцька церква була єдиною чинною в окрузі. Зараз храм належить Українській православній церкві Київського патріархату. У 2000-х роках її відремонтували зсередини, а в 2012 році – зовні.