Музей був створений 1900 року. Зараз він розміщується у приміщенні колишньої земської управи. Основою колекції стали експонати, подаровані Олександром Лазаревським: старовинна зброя, картини, рукописи, а також книги з особистої бібліотеки Степана Пономарьова (1828-1913) – вченого-бібліографа, філолога, поета, який народився у Конотопі. Зараз музей зберігає близько 23 тисячі експонатів, частину з яких виставлено у десяти залах музею. Вони розповідають історію Конотопщини від найдревніших часів до сучасності, про природу краю, його видатних людей. Деякі артефакти унікальні, як, наприклад, крісло графа Кирила Разумовського – останнього гетьмана України, що має не лише історичну, але й художню цінність. Виставлені у залах і зразки козацької зброї і кінської збруї часів визвольної війни 1648-1657 років. Одним з найпрекрасніших зразків друкарства є Євангеліє 1708 року видання. Етнографію регіону розкрито у зразках тутешніх майстрів ткацтва, вишивки, вироблення килимів, народного живопису, кераміки, різьблення по дереву. Окрема зала музею експонує унікальні артефакти, пов’язані з перебуванням на Конотопщині Тараса Шевченка.