Иезуитская часовня находится на территории иезуитской коллегии, строительство которой началось в 1882 году. Предположительно, часовня датируется XVII веком, однако точная дата строительства не установлена. В конце XIX века реставрирована архитектором Антоном Лушкевичем. Коллегия была официально открыта в 1886 году, в 1890 году здание было уничтожено пожаром. Часовня также пострадала, однако была восстановлена к началу нового века. После пожара руководство расширило инфраструктуру, добавив подъездные дороги, водопровод, спортплощадки, сады, живую изгородь. В 1904-1906 годах отец Казимир Стефановский инициирует начало строительства новой части коллегии, а также обновление часовни. Весь комплекс достигал 772 м в периметре, имел 327 залов и помещений различного назначения. Окружали здание 9 спортивных площадок, 4 теннисных корта, бассейн, 4 пруда с рыбой, парки. В период СССР в здании была советская казарма, лагерь военнопленных и немецкий военный госпиталь. Позже коллегиум превратили в военный госпиталь, возвели церковь.