Железнодорожная станция Вапнярка была основана в 1870 году, в одно время с открытием новой железной дороги Жмеринка – Балта. В феврале 1899 года была проложена еще одна линия от Вапнярки до Христиновки, тогда станция Вапнярка стала узловой. Вскоре здесь было сооружено паровозное депо и узкоколейка на Ямполь (в 1990 годах ее разобрали). Через станцию курсируют поезда дальнего следования, пригородные поезда, электрички и дизель-поезд. На станции расположено просторное здание пассажирского вокзала с комфортными залами ожидания, комнатой отдыха, магазинами, кассами.