До середини 1930-х років храм носив назву Миколо-Йорданського. Згідно з історичними відомостями, земля, на якій він стоїть, була місцем молитов перших християн ще до хрещення Русі. Багато говорять про якусь духовну силу цих місць і наявність чудодійного джерела лише доводить це. Про історію зародження храму в IX-XII століттях свідчать лише деякі літописи й археологічні дослідження. У XIX столітті тут були знайдені його фундаменти. Давньоруський храм був знищений під час нападу татаро-монгольського ярма. Перше відродження храму почалося в 1616-му році, коли тут з’явився Йорданський жіночий монастир. На його території був побудований дерев’яний храм, що згорів у 1821 році. Через 63 роки було зведено кам’яну будівлю. Її ліквідували і розібрали в часи радянської влади. Нове дихання храм отримав вже в 2004 році, саме тоді була проведена перша за стільки років літургія. Зараз тут активно ведеться реконструкція, проводяться молебні, діє недільна школа. Також працює сестринство милосердя, яке допомагає пацієнтам лікарні і годує безпритульних.