Станция была построена в 1898 году, при возведении новой ветки Чаплино-Бердянск. Одноколейная железная дорога, длиной в целых 195 верст была проложена всего за три года. И уже в 1909 году, через нее прошло около 26 тысяч вагонов с зерном, которые направлялись в Бердянский порт. По поводу того, что же послужило причиной того, что станцию назвали именно Мечетной существует несколько предположений. Однако самая убедительная версия гласит, что неподалеку от станции когда-то были найдены руины мечети.