Первая пассажирско-грузовая станция здесь была построена в 1873 году Киево-Брестской железной дорогой, движение было открыто 15 августа. Начали действовать паровозное и вагонное депо. С этого момента город стал быстро развиваться. В 1907 году было возведено новое здание вокзала в стиле модерн, автором проекта был архитектор Александр Вербицкий, который, кстати, в 1920-ых годах прошлого века спроектировал и вокзал Киев – Пассажирский. Особенностью здания Ковельского вокзала являлся тоннель под путями, через который проложен вход в здание. Во время Второй мировой войны большинство зданий города были разрушены, вокзал не стал исключением. В ходе послевоенной реконструкции, которая была завершена в 1951 году, сохранены основные элементы проекта Александра Вербицкого. В частности, двухуровневое расположение. На верхнем уровне платформы находятся залы ожидания и кассы дальнего следования. На нижнем уровне — пригородные кассы и служебные помещения, выход в город проходит через тоннель под рейсами.