Считается, что она была возведена в 1688 году по проекту архитектора Вильяма фон Залена по приказу Ивана Мазепы. Тыловой опорный пункт был устроен на месте старинного казачьего поселения Самарь – города Старая Самара, первые письменные упоминания о котором датируются 1576 годом. Фортификационные сооружения возводились из земляных насыпей и дерева. Шестиметровый ров и четырехметровый вал, частокол с 17 пушечными раскатами защищали сооружение от вражеских набегов и атак. Площадь крепости составляла более десяти гектар. Крепость развивалась и процветала вплоть до 1690 года, когда большая часть гарнизона была убита чумой. Спустя 20 лет, в 1711 году, крепость пала под осадой хана Давлет Гирея. В соответствии с прусским договором крепость снесли. Только в 1731 году ретраншмент был восстановлен. После реконструкции площадь крепости увеличилась, его укрепления стали частью Украинской оборонительной линии во время русско-турецкой войны 1735-1739 годов. В 1798 году Покровскую церковь, расположенную на территории крепости, перенесли через Самару в село Одиновка. С тех пор история крепости, как одного из крупнейших фортификационных сооружений Украины, закончилась, ее земли были распаханы под огороды жителей поселка Шевченко. В результате археологических исследований и продолжительных раскопок, ученым удалось доказать, что Богородицкая крепость и старинное поселение Самарь является одним и тем же объектом. С 2005 года инициирован процесс о присвоении объекту статуса памятника национального значения.