Нет точной даты постройки первого здания. Но известно одно – здесь долгое время была турецкая мечеть. Тогда и сам город звался еще Ачи-Кале. Но в 1788 году казаки вместе с московским войском разгромили турецкую эскадру и захватили город. Приблизительно через десять лет здание мечети полностью переделали в православный храм, названный в честь Николая Чудотворца. Над помещением надстроили купол, а уже потом, в начале XIX века, пристроили алтарь, притвор и паперть. Турецкий минарет переделали в колокольню. К сожалению, на этом история не закончилась. Как и многие другие храмы, Свято-Николаевская церковь пострадала во времена Советского Союза. Тогда в ней находился военно-исторический музей Суворова. После провозглашения независимости здание передали церкви, которую до сих пор реконструируют.