Решение о создании музея приняли в 1922 году, а спустя четыре года появился музейный городок. В то время комплекс включал в себя музей нумизматики, библиотеку, типографию, архивы Киево-Печерской лавры, Всеукраинскую реставрационную мастерскую, музей культуры и быта, колокольни, храмы, а также пещеры.Значительный урон историческому заповеднику нанесли события Второй мировой войны: был подорван Успенский собор – главный храм Лавры. Более полувека понадобилось, чтобы полностью восстановить собор: отреставрированное здание было освящено в 2000 году.Территорию комплекса стали активно ремонтировать начиная с 1950-х годов. К 1990-му были отреставрированы основные сооружения, восстановлены книги и сборник "Лаврский альманах". В этом же году международная организация ЮНЕСКО включила заповедник в Список памятников всемирного культурного наследия.