Синагога была построена в конце XIX века винницким евреем по фамилии Лифшиц. Он был достаточно состоятельным человеком и решил жениться на не менее обеспеченной даме. На свадьбу родители невесты подарили молодоженам землю в центре города. Лифшиц принял подарок, но так как не нуждался в земле, решил отдать ее еврейской общине, к которой принадлежал. Представители общины отказались, поскольку не вели никаких дел касаемо пустых территории. Тогда владелец построил свою синагогу и отдал ее в распоряжение общины. С приходом советской власти все синагоги города были закрыты. Когда началась Вторая мировая, немцы оккупировали город, задние превратилось в хранилище вещей убитых евреев. После войны здесь была филармония, которая закрылась в 1985 году. Здание пустовало до начала работ по восстановлению на средства меценатов.