Синагога була побудована в кінці XIX століття вінницьким євреєм на прізвище Ліфшиц. Він був досить заможною людиною і вирішив одружитися із не менш забезпеченою дамою. На весілля батьки нареченої подарували молодятам землю в центрі міста. Ліфшиц прийняв подарунок, але, так як потреби в землі у нього не було, він вирішив віддати її єврейській громаді, до якої належав. Представники громади також відмовилися від землі, бо не знали, що із нею робити. Тоді Ліфшиц побудував на ній синагогу і віддав її в розпорядження громади. З приходом радянської влади всі синагоги міста були закриті. Коли почалася Друга світова, німці окупували місто, будівля перетворилася на сховище речей убитих євреїв. Після війни тут була філармонія, яка закрилася 1985 року. Будівля пустувала до початку відновлювальних робіт на кошти меценатів.