За історичними джерелами, храм на цьому місці був ще за Богдана Хмельницького. До другої половини XVIII століття, мабуть, виникла потреба його перебудувати. Чуднівська громада зібрала кошти для будівництва нового храму, і в 1772 році була побудована дерев’яна триверха церква. Більш ніж за сто років Богородицька церква знову занепала, і на її місці вирішили звести кам’яний храм. Частину коштів на будівництво виділила держава, а громада зібрала те, чого бракувало. Цікаво, що під час будівництва православного храму було використано цеглу будівлі францисканського костелу, який на той час був закритий. Рік завершення будівництва церкви та її освячення – 1896-й. У радянські часи церковну дзвіницю зруйнували, скинули хрести і дзвони, а в будівлі організували зерносховище. Лише під час Другої світової війни в храмі відновили богослужіння. У наш час церква діюча. За потреби її ремонтують і оновлюють.