Монастир був заснований у 1619 році коштом місцевої княгині Вишневецької. Легенда свідчить, що місце для майбутнього монастиря їй указали янголи. Дерев’яна церква простояла майже до кінця століття, а в 1692 році на цьому місці було зведено кам’яний собор, гроші на який надали гетьмани Самойлович і Мазепа. Останній сприяв зведенню українських церков у стилі козацького бароко. Мгарський собор також має елементи ренесансної архітектури. Монастир поступово розростався: з’явилися дзвіниці, головна церква, настоятельский і братські корпуси, двоповерхова церква. У ньому нерідко ховали священнослужителів. Свого часу його відвідували Мазепа, Петро I, Шевченко, Пушкін. Під час війни і за радянської влади монастир зазнав руйнувань, зокрема зіпсувалося багато фресок. Втім, сьогодні тривають реставраційні роботи, а сам монастир привертає дедалі більше паломників.