У деяких старовинних літописних документах можна знайти інформацію про те, що в далекому 1339 році на службу до угорського короля прибув князь з Поділля на ім’я Федір Корятович. Саме за його підтримки на Чернечій горі було зведено дерев’яну церкву і малий корпус для ченців. Ігуменом призначили ченця Луку. Від 1491 року монастир стає центром православ’я Закарпаття. У 1537 році на території краю було неспокійно: воювали Габсбурги і трансильванські князі. Під час військових дій святу обитель зруйнували, багато архівних документів було втрачено. У 1538 році єпископ Василь I при підтримці імператора Фердинанда І вирішив відродити монастир. У 1646 році на Закарпатті було проголошено унію з римською церквою. У цей період православним єпископом вибрали Іоаникія. Саме під час його єпископату в 1661 році на території монастиря спорудили першу кам’яну церкву. Кам’яний монастир будувався в 1766-1772 роках, а Свято-Миколаївська церква – з 1798 по 1804 роки. Довгі роки (з 1664 по 1946) монастир належав католицькому чернечому ордену отців василіян. І тільки в 1947 році радянська влада повернула його справжнім власникам: сюди перебралися черниці зі святої обителі Різдва Пресвятої Богородиці села Липча.