Будівництво Іонинського православного чоловічого монастиря відноситься до середини XIX століття. Засновником був архімандрит Видубицького монастиря Іона, якому не раз являлися видіння Господа і Божої Матері. До 1918 року в монастирі проживало понад 800 ченців. У 1934 році за розпорядженням радянської влади монастир був закритий, а Покровський храм зруйнований. У 1935 році навколо монастиря був заснований ботанічний сад, а стіни обителі служили складськими приміщеннями. У 1991 році тут відновилися богослужіння, монастир був скитом Києво-Печерської лаври і вже в 1995 році йому було повернуто статус самостійного. У 2000 році тут були проведені реставраційні роботи з відновлення Свято-Троїцької церкви, дзвіниці та братських корпусів.