Спочатку експозиція музею розташовувалася в приміщенні Богодухівської школи № 1. Потім в 1983 році її перемістили в будівлю, де вона знаходиться сьогодні. У фондах музею зібрано близько 7000 експонатів. У першому залі "Наш край в силу давності" (від появи людини до XVI століття) представлені результати археологічних досліджень, у другому залі під назвою "Народна культура побуту" (XVIII – початок XX століття) можна побачити старовинні предмети побуту, унікальні вишивки та рушники. Третій зал "Видатні люди Богодухівщини" зберігає історичні документи, фотознімки, репродукції, листи, четвертий зал "Богодухів в роки Великої Вітчизняної війни" присвячений військовим подіям, в п’ятому залі "Сучасна Богодухівщина" представлені зразки продукції місцевих підприємств.