Назва станція отримала, згідно з деякими джерелами, від однойменного села, яке, щоправда, розташоване в десяти кілометрах від станції. Станцію побудовано в 1895 році під час прокладки залізничної лінії Балашов – Харків. Під час Другої світової війни станція прийшла в руйнування. Рух було відновлено 18 серпня 1943 року. У 1971 році лінія була електрифікована. Із січня 2006 року через Мохнач став курсувати новий вид транспорту – рейковий автобус. У 2009 році станцію реконструйовано.