Уперше монастир згадано в описах деяких міст України за 1654 рік. У 1754 році монастир постраждав від пожежі, але його було швидко відреставровано. На момент облагородження храму сталося два дива. Один чоловік привіз залізо до храму, коли необхідно було побудувати решітки для монастиря, але матеріалу не вистачило. Вважається, що на шляху тієї самої людини з’явився святий Миколай. Під час другого дива святий угодник Микола постав перед скарбником Михайлом, який хотів дарувати парафіяльному храму свого села Євангеліє, але подарував її у 1747 році саме Рихловському монастирю. Образ Святого Миколая супроводжує церкву протягом усього її існування. У 1922 році обитель закрили, в 1930-х роках храм почали розбирати для будівництва дороги. У 2004 році монастир відновили і повернули йому землю, яка тісно примикала до входу монастиря під час будівництва села. Наразі Пустинно-Рихлівський монастир представляє Ніжинську єпархію Української Православної Церкви.