Основна легенда свідчить про те, що монастир заснувала дружина воєводи Мирослава – Матрона. Справа в тому, що в 1036 році, коли воїн повертався після битви з печенігами, він вирішив перевірити, наскільки добре укріплена фортеця, що йому належала, і вишикував човни в бойовому порядку. Матроні здалося, що це нападає ворог, тому вона наказала їх знищити й тим самим убила свого чоловіка. Коли вона зрозуміла свою помилку – вирішила стати черницею та заснувала монастир, який ми до цього дня називаємо Мотронинським. Дату його заснування прийнято зараховувати до 1198 року, коли в літописах згадується єпископ Павло, який освятив церкву. Далі письмові джерела свідчать, що в 1240 році монголо-татари під проводом хана Батия спалили святиню та лише в середині XVI століття почалася її реконструкція. Під час свого правління, козаки майже два століття оберігали монастир, приносили йому різноманітні дари, виділяли земельні ділянки. Активну участь у цьому взяв Петро Конашевич-Сагайдачний. За радянських часів церкву не дуже шанували, її закривали й грабували. У другій половині XX століття її намагалися реставрувати, взявши за основу малюнок Тараса Шевченка "Мотронин монастир".