Комплекс Миколаївської церкви-мавзолею є невід’ємною частиною Національного музею-садиби видатної особистості М. Пирогова. У 1881 році над склепом побудували невелику каплицю. А в 1885 році звели Миколаївський храм, який спроектував архітектор академік В. Сичугов. Під час Другої світової війни саркофаг із тілом лікаря зарили в землю, після чого проводилися реставрація і повторне бальзамування. Храм також пережив реконструкцію. У святкові та пам’ятні дні в Миколаївській церкві правлять службу, звучать духовні твори відомих класиків і дзвони.