Наукове товариство було створено в 1873 році і спочатку спеціалізувалося на видавничій справі, випускало книги та періодику народною українською мовою. Тільки через кілька десятиліть організація почала займатися наукою, особливу увагу приділивши історії, філософії, філології та математиці. З 1897 року товариство очолив легендарний історик, громадський і політичний діяч – Михайло Грушевський. Під час його правління організація досягла неймовірного розвитку і значно збільшила кількість відділень. Саме в цей період вдалося придбати будівлі на сучасній вулиці Винниченка, 24-26 та розмістити в них друкарню, бібліотеку і музей. Членами товариства в різний час були найвидатніші українські вчені, діячі культури і мистецтв, наприклад, І. Франко, В. Шухевич, В. Гнатюк та багато інших, а також іноземні вчені: А. Ейнштейн, А. Брюкнер, Ф. Кляйн. Наукове товариство імені Шевченка діє і сьогодні.