У складі заказнику острови Хортиця, Дубовий, Байда і скелі Два брати і Три стоги. Також тут охороняють наскельну та рідкісну рослинність ділянок цілинного степу, байрачних лісів та дніпровських плавнів. З рослин, занесених до Червоної книги України, тут ростуть ковила Лессінга, сітчастий шафран, тюльпан Шренка, астрагал мохнатоквітковий і сальвінія плаваюча. У плавнях зустрічається й червонокнижний реліктовий вид – це водяний горіх плаваючий.На території заказника виявлено багато археологічних знахідок, завдяки чому він має не тільки наукове й естетичне значення, але і важливу історичну цінність.