Храм був побудований в центрі замкових укріплень у другій половині XII в. князем Ярославом Ізяславовичем. Протягом тривалого часу був головним православним храмом міста Луцька. Церква Іоанна Богослова – головна святиня міста, де знаходилися гробниці руських князів і єпископів. Зараз залишки соборного храму Іоанна Богослова – єдина пам’ятка міста домонгольського періоду. Церква є пам’яткою архітектури місцевого значення.