1720 року на місці Миколаївської церкви височів греко-католицький храм. Через деякий час він згорів, і на його місці спорудили дерев’яний. У 1882 році на місці старого храму почали зводити першу в окрузі кам’яну церкву. У 1896 році в стінах Миколаївської церкви повінчалися Михайло Грушевський і вчителька Марія Вояківська. До цього Грушевський часто приїжджав у Скалу-Подільську і спілкувався з місцевими діячами культури, а Вояківська проходила практику в місцевій народній школі. Після закінчення Другої світової війни в 1946 році кам’яний храм був переданий православній церкві. Від 2011 року одну зі стін церкви прикрашає панно із зображенням Святого Миколая. Ще однією особливістю селища Скала-Подільська є найстаріше джерело, що знаходиться неподалік Миколаївської церкви. Місцеві мешканці стверджують, що з нього пив воду сам князь Данило Галицький.