Церква є унікальною, оскільки це єдиний з усіх збережених на Лівобережжі православних храмів, що має два куполи. Церква Введення Богородиці в Храм в основі являє собою чотиригранник, над яким розташовано восьмигранник, увінчаний барабаном з невеликим куполом. Головною окрасою інтер’єру був п’ятиярусний різьблений іконостас у бароковому стилі, виготовлений на замовлення гетьмана Івана Мазепи та його коштом. На іконостасі містився гетьманський герб, мотиви німецького та італійського ренесансу – квіткові гірлянди та листя. Шедевр цей було знищено в першій половині 1930-х років. Зараз у Введенській церкві встановлено новий іконостас, виготовлений на замовлення митрополита Чернігівського і Ніжинського Антонія в 1988-1989 роках до відкриття духовного училища регентів-псаломщиків. Проект іконостасу було створено благочинним церков Чернігівського округу протоієреєм Анатолієм Товстоногом. Він написав ікони для іконостасу, а згодом створив настінний розпис.