Правда, на той момент у місті вже був невеликий історичний музей, створений у 1896 році, а до початку ХХ століття були й етнографічний музей, єпархіальне сховище старожитностей і музей поміщицького побуту і мистецтва. Сучасна експозиція історичного музею розташована в будинку губернатора в найстарішій частині міста. Зібрані експонати виставлено до огляду в 16 залах. Вони оповідають про всі періоди життя Чернігівщини з найдавніших часів. Тут і багата колекція знахідок археологів, і стародруки, раритетні документи, експонати козацької доби. Популярною серед глядачів є панорама "Мізинська стоянка", що демонструє життя людей у пізньому палеоліті. Тут же представлено деякі з унікальних знахідок виробів первісних людей із поселення біля села Мізин над Десною. До X-XIII століть належать експоновані хрести-енколпіони, ювелірні вироби, прикраси, зброя, гривні, печатки часів давньої Русі. Непроминальну культурну та історичну цінність має зібрана Василем Тарновським колекція предметів і історичних документів XVII-XIX століть. У музеї представлена ​​багата етнографічна колекція XVII-XVIII століть і найбільше в Україні зібрання музичних інструментів. В окремій експозиції представлено ​​історію Чернігова VII – початку ХХ століть.