Церква була зведена в 1098 році за указом київського князя Володимира Мономаха. Протягом багатовікової історії її безліч разів руйнували. Вперше храм постраждав 1152 року під час міжусобної війни, але її швидко відновили за наказом Юрія Долгорукого. На честь нього і з’явилася друга назва церкви – Юр’ївська божниця. У 1240 році храм знову був зруйнований, цього разу військами хана Батия. Понад чотири сотні років церква була занедбана. Лише в XVII столітті її відбудували коштом київського полковника Мокієвського. У 1753 році церква постраждала від удару блискавки: вигорів центральний купол, а вже за кілька років обвал зруйнував частину стіни. До XIX століття будівлю храму практично повністю розібрали. Мародери розграбували і знищили найцінніші реліквії. Сьогодні туристи можуть бачити тільки вцілілу апсиду та частину стіни, що прилягає до неї.