Крипта – крите підземне приміщення, яке традиційно розташоване під хоральною і вівтарною частинами храму. Його зазвичай використовували для поховання мучеників і святих, а також тут виставлялися мощі тих людей, яких після їх смерті було зараховано церквою до лику святих. Таке приміщення було і в підземеллі тернопільського собору Непорочного Зачаття Діви Марії, тільки воно багато років було зачиненим і засипаним землею. Було прийнято рішення провести роботи з розчищення крипти, тому тепер кожен, хто забажає, спустившись кам’яними сходами на глибину п’ять метрів, зможе потрапити в сакральний підземний хід храму. Крім того, частину музейного приміщення можна оглянути через надміцне скло в підлозі.