Постанову про прокладення залізниці в Бердянську було прийнято ще в 1865 році, а будівництво залізничної лінії Чаплине – Пологи – Бердянськ було розпочато в 1896 році й завершено через два роки. Архітектором був Г. І. Панафутін. У 1943 році бердянський вокзал повністю знищили фашистські загарбники. Відновлення тривало п’ять років. У результаті інтер’єр вокзалу поліпшився, його зали оздобили мармуровою плиткою з Янцівського кар’єру. Наступну масштабну реконструкцію вокзалу Бердянська провели в 2003 році. Оновили вікна будівлі, фасад, покриття даху, значно змінилося внутрішнє оформлення залів. Тут встановили нове інформаційне табло, низку електронних годинників, сучасні переговорні пристрої для спілкування касирів і пасажирів і касові термінали.