За переказами його заснували черниці, які втекли з пограбованого турецькими військами Калатурського монастиря. Чотирьом монахиням довелося ночувати посеред лісу, вночі їм було бачення, в якому Святий Миколай благословляє їх на заснування в цьому місці монастирської обителі. Вранці черниці виявили біля джерела образ Святого Миколая. У 1779 році Київський митрополит дав дозвіл на зведення в Лебединському лісі святині. Всі монастирські споруди спочатку були дерев’яними, пізніше в 1800 році святиня була частково відбудована в камені. За часів Коліївщини монастир всіляко підтримував повсталих. У 1910-х роках було побудовано будівлю готелю для численних паломників. Після захоплення влади більшовиками монастир розпустили, в його приміщеннях проживала комуна, пізніше розміщувався тубдиспансер, лепрозорій. У 1992 році монастир знову відкрився. Тепер це діюча жіноча обитель.